Opintojen ohjauksen runkona toimii vuosittain hyväksytyt opetussuunnitelmat ja vuosikurssikohtaiset lukujärjestykset. Tämän lisäksi opintojen ohjauksessa on mukana HOPS-ohjaajat, jotka ovat biolääketieteen yksikön opettajakuntaa. Kahden ensimmäisen vuoden opinnot rakentuvat pääosin pakollisista opintojaksoista, mutta seuraavien vuosien opintojen mahdollisen järjestyksen muuttumisen ja/tai vapaavalintaisten opintojen myötä oman henkilökohtaisen opintosuunnitelman eli HOPSin tekemisen merkitys korostuu. Opintoja suunnitellaan HOPS-opintojaksoilla, joilla erilaisten oppimistehtävien työstäminen ja yksilö- ja ryhmäohjaus tukevat HOPSin laadintaa. Lisäksi tutkimus- ja yritysvierailujen sekä -esittelyjen avulla pyritään konkretisoimaan erilaisten työtehtävien edellyttämiä valmiuksia.