Lääketieteen laitos on terveystieteiden tiedekunnan suurin laitos. Laitos jakautuu biolääketieteen, hammaslääketieteen, kansanterveystieteen ja kliinisen ravitsemustieteen sekä kliinisen lääketieteen yksikköön. Laitos vastaa lääketieteen ja hammaslääketieteen lisensiaattien sekä terveystieteiden (ravitsemustiede sekä terveyden edistäminen - suuntautumisvaihtoehdot: ergonomian ja työhyvinvoinnin edistäminen, terveysliikunnan edistäminen, väestön terveyden edistäminen) ja biolääketieteen alan kandidaattien ja maistereitten koulutuksista.
Laitoksen johtajana toimii professori Veli-Matti Kosma ja varajohtajana yliopistonlehtori Anitta Mahonen.
Hammaslääketieteen yksikön johtajana toimii professori Liisa Suominen ja varajohtajana professori Päivi Mäntylä. Biolääketieteen yksikön johtajana toimii yliopistonlehtori Anitta Mahonen ja varajohtajina professori Merja Heinäniemi ja yliopistotutkija Leena Latonen. Kansanterveystieteen ja kliinisen ravitsemustieteen yksikön johtajana toimii professori Pekka Mäntyselkä ja varajohtajana professori Ursula Schwab sekä kliinisen lääketieteen yksikön johtajana professori Jarmo Jääskeläinen ja varajohtajana professori Ville Leinonen.