Luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunnassa on seuraavat luonnontieteiden kandidaatin (LuK) tutkintoon johtavat pääaineet: biologia, fysiikka, kemia, matematiikka, tietojenkäsittelytiede, sovellettu fysiikka, ympäristötiede ja maatalous- ja metsätieteiden kandidaatin (MMK) tutkintoon johtava pääaine metsätiede. Kandidaatin tutkinnon laajuus on molemmilla koulutusaloilla 180 opintopistettä (op). Laajojen kandidaattiohjelmien, biologia-ympäristötiede ja matematiikka-fysiikka-kemia, opetussuunnitelma sisältää kaikille yhteisiä opintoja, jolloin oma suuntautuminen eriytyy kampuksittain (biologia-ympäristötiede) tai valitaan myöhemmin opintojen aikana (matematiikka-fysiikka-kemia).
Tiedekunnassa on seuraavat filosofian maisterin (FM) tutkintoon johtavat pääaineet ja erikoistumislinjat biologia; fysiikka; kemia, jossa erikoistumislinjat kemisti ja kemistitutkija; matematiikka; sovellettu fysiikka; tietojenkäsittelytiede; sekä ympäristötiede, jossa erikoistumislinjat ympäristöterveys ja –teknologia sekä ympäristönmuutoksen biologia. Lisäksi filosofian maisterin tutkinto voidaan suorittaa aineenopettajan koulutuksessa biologian, fysiikan, kemian, matematiikan ja tietojenkäsittelytieteen pääaineissa. Maatalous- ja metsätieteiden maisterin (MMM) tutkintoon johtava pääaine on metsätiede. Tiedekunnassa on useita filosofian maisterin tutkintoon tai maatalous- ja metsätieteiden maisterin tutkintoon johtavia kansainvälisiä maisteriohjelmia, joita esitellään pääaineiden kuvauksen yhteydessä. Maisterin tutkinnon laajuus on 120 op.
Tutkintojen ja opintojen tavoitteet ja sisällöt on määritelty opetussuunnitelmissa. Maisterin opinnoilla saavutetaan jatkokoulutusvalmius kyseisessä pääaineessa.
Tutkintojen suorittamisaikaa on rajattu lainsäädännöllä. Opintoaikojen rajaaminen koskee niitä alempaan (kandidaatti) ja ylempään (maisteri) korkeakoulututkintoon johtavia opiskeluoikeuksia, jotka on myönnetty alkamaan 1.8.2005 tai sen jälkeen. Tutkintojen yhteenlaskettu tavoiteaika on viisi lukuvuotta siten, että kandidaatin tutkinnon tavoiteaika on kolme ja maisterin tutkinnon kaksi lukuvuotta. Sekä alempaan että ylempään korkeakoulututkintoon johtavassa koulutuksessa opiskelijalla on oikeus suorittaa tutkintonsa kahta lukuvuotta niiden yhteenlaskettua tavoiteaikaa pidemmässä ajassa. Pelkästään alempaan korkeakoulututkintoon johtavassa koulutuksessa oikeus suorittaa tutkinto on yksi vuosi tavoiteaikaa pidempi. Pelkästään ylempään korkeakoulututkintoon johtavassa koulutuksessa oikeus suorittaa tutkinto on kaksi vuotta tavoiteaikaa pidempi. Opintoaikojen rajauksesta ja lisäajan hakemisesta on kerrottu tarkemmin mm. Itä-Suomen yliopiston verkosta löytyvästä Kamu-käsikirjassa.
Tiedekunnassa otetaan jatko-opiskelijoita suorittamaan filosofian lisensiaatin, filosofian tohtorin, maatalous- ja metsätieteiden lisensiaatin ja maatalous- ja metsätieteiden tohtorin tutkintoja. Jatko-opiskelijat otetaan seuraaviin tohtoriohjelmiin (linkit avautuvat uuteen välilehteen):