Filosofisessa tiedekunnassa yhden ohjaajista on oltavat tiedekunnan professori tai apulaisprofessori (vastuuprofessori). Muina ohjaajina voivat toimia tohtorintutkinnon suorittaneet. Vastuuprofessori nimetään jo hakuvaiheessa ja hän puoltaa väitöskirjatutkijan hakemusta. Vastuuprofessorin rooli on osin hallinnollinen, ja hän vastaa mm. jatko-opintosuunnitelman sisällöstä ja väitöskirjan tarkastusprosessista (mm. tekee ehdotuksen väitöskirjan käsikirjoituksen esitarkastajista ja vastaväittäjästä). Väitöskirjan varsinaisesta ohjauksesta vastaa työn pääohjaaja. Jos vastuuprofessori on työn pääohjaaja, työlle nimitetään myös toinen ohjaaja. Tällöin opintosuunnitelma tehdään yhteistyössä väitöskirjatutkijan, vastuuprofessorin ja pääohjaajan kesken.
Väitöstutkimuksen ohjaajaksi määrätään hakemuksesta kaksi tai useampi henkilöä, joilla kaikilla
tulee olla tohtorin tutkinto. Ohjaajista ainakin yhden tulee olla tiedekunnan professori,
apulaisprofessori, yliopistotutkija (Tenure Track) tai tutkimusjohtaja. Mikäli väitöstutkimuksen
pääohjaajaksi esitetään muuta kuin tiedekunnan professoria, apulaisprofessoria,
yliopistotutkijaa (Tenure Track) tai tutkimusjohtajaa, on hänen ajantasainen julkaisuluettelonsa
liitettävä hakemukseen.
Terveystieteiden tiedekunnassa väitöskirjatutkijalla tulee olla vähintään kaksi ohjaajaa. Kaikilla ohjaajilla tulee olla tohtorintutkinto ja pääohjaajan tulee olla vähintään dosentti tai vastaavan tieteellisen pätevyyden omaava henkilö. Ainakin yhden ohjaajan tulee olla työsuhteessa Itä-Suomen yliopiston terveystieteiden tiedekuntaan.
Dekaani nimeää jatkotutkinto-opiskelijalle vähintään kaksi ohjaajaa, joista yksi on pääohjaaja ja joista yhden tulee kuulua yliopiston henkilökuntaan (Koulutuksen johtosääntö 23 §). Yliopiston henkilökuntaan kuuluvan tulee olla yhteiskuntatieteiden ja kauppatieteiden tiedekunnan professori, apulaisprofessori, dosentti tai vastaavan pätevyyden omaava henkilö. Toisella ohjaajalla tulee olla tohtorin tutkinto.